Ouvrant la porte des Méandres de Guilly, le site d’Entre-les-Levées présente une mosaïque de milieux naturels typiquement ligériens et des cortèges de plantes et d’animaux qui leur sont associés. Ce terrain se caractérise par un sol sableux, chaud et sec. La flore qui s’y développe est donc adaptée à ces conditions particulièrement hostiles. Etant donné qu’à flore variée répond une faune variée, on trouve ici des espèces d’affinité méridionale !
Afin de conserver ces richesses naturelles, le Conservatoire a installé une chicane qui empêche l’intrusion de véhicules motorisés (motos, quads), pratique dommageable à cette biodiversité remarquable.

D’abord artisanale et manuelle, l’activité d’extraction de sable et surtout de jard (mélange de sable et de graviers) s’industrialise au début du XXe siècle. Elle s’effectuait dans le lit mineur de la Loire, entre le pont de chemin de fer et la moitié du site d'Entre-les-Levées. La zone d’extraction était reliée par une voie ferrée à la ligne Argent-Beaune-la-Rolande. Il ne reste que peu de traces de ces extractions, qui ont perduré avec plus ou moins d’intensité jusque dans les années 1950. Malgré le démantèlement des lignes de chemin de fer, on peut encore aujourd’hui retrouver la trace des rails, dont une partie est visible le long du GR3.
Cette fosse cimentée, qui rappelle également le passé d’exploitation, servait à l’entretien des wagons de transport de matériaux. Le Conservatoire a souhaité la remettre en état, la sécuriser et la valoriser auprès des visiteurs car elle constitue un véritable patrimoine historique.

Cette forêt se trouve sur le haut d’une terrasse de Loire. La topographie plus élevée ne permet pas à la végétation d’être en contact avec la nappe ou de subir les inondations régulières de la Loire. Les espèces d’arbres présentes ne sont donc pas des espèces adaptées à l’immersion. Il s’agit d’une forêt sèche composée de chênes et de frênes où le Conservatoire laisse les arbres mourir de leur belle mort pour favoriser le développement du bois mort.
Écosystème à part entière, le bois mort abrite de nombreuses espèces d’insectes, qui servent à leur tour de nourriture aux nombreuses espèces de pics, comme le trop rare Pic noir.

Vous sortez de la forêt. Le paysage s’ouvre devant vous. Vous apercevez un milieu naturel rare et patrimonial : les prairies sur sable, royaume des criquets notamment. Sur votre droite, débute un tunnel végétal constitué de buissons épineux produisant des fruits l’hiver venu tels le prunellier (épine noire) et l’aubépine (épine blanche). La haie est intéressante car elle sert de refuge et de nourriture à de nombreuses espèces mais si rien n’est fait, ces buissons vont se développer et « grignoter » les prairies. C’est pourquoi, le Conservatoire entretien les milieux ouverts par une fauche annuelle, en ménageant des zones refuges, non fauchées, qui seront déplacées chaque année. Le produit de la fauche sera enlevé de manière à ne pas apporter de la matière organique au sol et préserver la biodiversité des prairies ligériennes.